PHENOPSIS DB propose un Web service pour extraire automatiquement des données de la base PHENOPSIS.
Les méthodes proposées sont :
⇒ getExperiments() : fournit la liste des expérimentations publiques
Pas de paramètre
→ Retourne une chaine de caractères sous format XML contenant les informations des expérimentations publiques : identifiant, titre, dates de début et de fin.
Exemple de retour :
<experiments>
<experiment>
<id> first experiment identifier </id>
<title> first experiment title </title >
<startDate> first experiment start date </startDate>
<endDate> first experiment end date </endDate>
</experiment>
...
</experiments>
⇒ getGenotypes(experiment), getAllGenotypes() : fournissent la liste des génotypes publics, cultivés dans une expérimentation spécifique pour la méthode getGenotypes
Paramètre string experiment : identifiant d'une expérimentation (peut être récupéré grâce à la méthode getExperiments)
→ Retournent une chaine de caractères sous format XML contenant les informations des génotypes publics : identifiant, nom et fonction.
Exemple de retour :
<genotypes>
<genotype>
<id> first genotype identifier </id>
<name> first genotype name </name >
<function> first genotype function </function>
</genotype>
...
</genotypes>
⇒ getVariables() : fournit la liste des variables phénotypiques étudiées
Pas de paramètre
→ Retourne une chaine de caractères sous format XML contenant les informations des variables phénotypiques étudiées: nom, définition, unité et référence dans les ontologies existantes si elles sont disponibles.
Exemple de retour :
<variables>
<variable>
<name> first variable name </name >
<definition> first variable definition </definition>
<unit> first variable unit </unit>
<accessionTerm> first variable reference in existing ontologies </accessionTerm>
</variable>
...
</variables>
⇒ getImageVariables() : fournit la liste des types d'images de plante collectées
Pas de paramètre
→ Retourne une chaine de caractères sous format XML contenant les informations des variables images c'est-à-dire le type d'images collectées avec leur nom et leur définition.
Exemple de retour :
<imageVariables>
<variable>
<name> first image variable name </name >
<definition> first image variable definition </definition>
</variable>
...
</imageVariables>
⇒ getGrowthImages(genotype, experiment, repetition) : fournit une liste d'images prises automatiquement dans le visible dans les chambres de culture PHENOPSIS, pour visualiser la croissance de plantes pour une répétition donnée d'un génotype donné dans une expérimentation donnée
Paramètre string genotype : identifiant d'un génotype (peut être récupéré grâce à la méthode getGenotypes)
Paramètre string experiment : identifiant d'une expérimentation (peut être récupéré grâce à la méthode getExperiments)
Paramètre int repetition : numéro de répétition du génotype donné dans l'expérimentation.
→ Retourne une chaine de caractères sous format XML contenant les noms et caractéristiques des images : date, génotype concerné, expérimentation, identifiant du pot, date de semis du pot et niveau minimal d'humidité du pot au cours de l'expérimentation.
→ Les images dans le visible issues de la méthode getGrowthImages peuvent être par exemple par la suite transformées en image animée (avec le logiciel ImageMagick par exemple).
⇒ getImage(imageName) : fournit une image de plante encodée en base 64
Paramètre string imageName : nom d'une image de plante (peut être récupéré grâce aux méthodes getImages et getGrowthImages dans la balise <name>)
→ Retourne une chaine de caractères sous format XML contenant le nom et l'encodage en base 64 d'une image de plantes. Le client a ensuite la charge du décodage des images qu'il souhaite récupérer.
⇒ getObservedHumidity(genotype, experiment) : fournit une liste des données calculées de pourcentage d'humidité du sol dans les pots au cours d'une expérimentation donnée et pour un génotype donné
Paramètre string genotype : identifiant d'un génotype (peut être récupéré grâce à la méthode getGenotypes)
Paramètre string experiment : identifiant d'une expérimentation (peut être récupéré grâce à la méthode getExperiments)
→ Retourne une chaine de caractères sous format XML contenant les valeurs calculées de pourcentage d'humidité du sol : génotype concerné, expérimentation, identifiant du pot, date et pourcentage d'humidité du sol.
Exemple de retour :
<measures id='1'>
<genotype id='LAF11-18'> RILF11[Ler x An-1]-18 </genotype>
<experiment> C1M7 </experiment>
<measure>
<variable unit='%'> humidity level </variable >
<date> 2006-01-22 08:31:00 </date>
<value> 35.4 </value>
</measure>
...
</measures>
<measures id='2'>
<genotype id='LAF11-18'> RILF11[Ler x An-1]-18 </genotype>
