TELECHARGEMENT DE MACROS IMAGEJ

Le module PHENOPSIS d'analyses d'images

Vous pouvez ici télécharger des macros ImageJ pour analyser d'une part les images de rosette provenant des automates PHENOPSIS, et d'autre part les scans du système foliaire réalisés sur nos plantes. Vous pouvez également télécharger une version d'ImageJ dans laquelle ces macros sont d'ores et déjà intégrées.

ImageJ est un logiciel libre pour l'analyse d'images.

Téléchargez ici la documentation sur les outils ImageJ d'analyse d'images pour PHENOPSIS ⇒ Manuel d'utilisation

Analyses de photos de rosettes dans le visible

Analyse d'image de rosette

Dans les 3 chambres de culture PHENOPSIS, les photos de rosette d'Arabidopsis thaliana sont prises dans le visible automatiquement par les robots chaque jour. Plus de détails

Deux macros permettent d'analyser de manière semi-automatique des lots de photos de rosettes et d'obtenir les surfaces des rosettes.

Analyses de scans du système foliaire

Scan du système foliaire

Des scans du système folaire sont réalisés par les expérimentateurs sur les plantes d'Arabidopsis thaliana. Un scan consiste à séparer les différentes feuilles de la rosette d'une plante, à les coller de manière ordonnée sur une feuille A4 (21 x 29.7 cm) et à numériser cette feuille. Plus de détails

Deux macros permettent d'analyser de manière semi-automatique des lots de scans du système foliaire de plantes et d'obtenir pour chaque scan les surfaces de chaque feuille de la rosette.

Analyses de photos infra-rouge de rosettes

Image infra-rouge de rosette

Dans la chambre de culture PHENOPSIS 3, des images infra-rouge de rosette d'Arabidopsis thaliana peuvent être prises automatiquement par le robot chaque jour. Plus de détails

La macro d'analyse de ces images infra-rouge est encore en phase de test.

Analyses de scans du système racinaire

Root scan image

Les analyses sont faites avec le logiciel SmartRoot

Analyses de fluorescence

Rosette fluorescence image

Des images de la fluorescence de la chlorophylle de rosettes d'Arabidopsis thaliana peuvent être prises automatiquement par PHENOPSIS chaque jour.

Différentes mesures peuvent être réalisées telles que par exemple des mesures de l’efficience du photosystème II (Fv/Fm).

La macro “PHENOPSIS-Fluo” permet d'analyser de manière semi-automatique les images afin d’acquérir la moyenne Fv/Fm de la rosette (ou d’une feuille), les valeurs de pixels composant la rosette (ou selection) et également la surface de la rosette.

Téléchargement des outils ImageJ correspondant

Vous pouvez soit télécharger une version d'ImageJ dans laquelle les macros PHENOPSIS d'analyse d'images seront d'ores et déjà intégrées, soit télécharger uniquement les macros PHENOPSIS d'analyse d'images que vous intèrerez vous-mêmes dans votre propre version d'ImageJ

• Télécharger la version PHENOPSIS d'ImageJ avec les macros PHENOPSIS intégrées ⇒ Télécharger
• Télécharger uniquement les macros PHENOPSIS ⇒ Télécharger
• Télécharger le manuel d'utilisation de ces outils ⇒ Manuel d'utilisation