LE SYSTEME PHENOPSIS

Le Système d'Information PHENOPSIS

Architecture du serveur

La base de données PHENOPSIS est hébergée sur un serveur au niveau de l'Unité Informatique du Campus Montpellier-Supagro. Les fichiers répertoriés dans la base de données (images, protocoles, scans, ..) sont stockés de manière organisée sur le serveur.

Ce serveur héberge également l'interface Web PHENOPSIS DB (scripts PHP, XHTML, JavaScript et Ajax), ainsi que les scripts R gérant l'insertion des données et leur validation, leur mise en forme, l'analyse des données et leur visualisation, et les macros ImageJ réalisant les analyses d'images en ligne.

Transfert automatique des données

Les données d'humidité du sol enregistrées par les robots sont insérées dans la base de données en temps réel par le biais de requêtes SQL automatisées. De même, les images prises par les automates sont transférées en temps réel sur le serveur de manière automatique. Enfin, les données météorologiques enregistrées par la Campbell sont insérées automatiquement et plusieurs fois par jour dans la base de données.

Insertion des données hors-ligne et des métadonnées

Les mesures effectuées sur les plantes sont saisies manuellement dans des fichiers Excel. Ces fichiers de données sont mis en forme par les utilisateurs en fichier CSV selon des règles précises et définies dans un document PDF.

Les utilisateurs ayant les droits suffisants insèrent ces fichiers CSV de données dans la base par le biais de l'interface Web.

Les métadonnées (caractéristiques des pots, génotypes, variables, commentaires, ..) sont insérées via l'interface Web PHENOPSIS DB soit sous forme de fichiers CSV, soit par le biais de formulaires HTML.

Méthode pour la consultation et l'insertion des données

L'interface Web PHENOPSIS DB permet la consultation et l'insertion de données grâce à 2 méthodes :

• en se connectant directement à la base de données par le biais du langage PHP et en envoyant des requêtes de sélection et d'insertion,
• indirectement en appelant par PHP des scripts R qui se connectent à la base de données grâce à la librairie RODBC, effectuent des requêtes de sélection et d'insertion et mettent en forme les données avant de les renvoyer à PHP.

Système d'Information PHENOPSIS

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